Il est possible de faire  opposition à un brevet délivré. Soumise au paiement d'une taxe, l'opposition doit être formée dans un délai de neuf mois à compter de la date de délivrance. Il existe des différences entre la procédure de délivrance suisse et celle européenne.

Que faut-il entendre par opposition à la délivrance d'un brevet ? Il s'agit d'une allégation d'une personne ou d'une institution extérieure qui affirme que la procédure de délivrance ne s'est pas déroulée de manière conforme ou que tous les faits pertinents n'ont pas été pris en considération. L'office qui a délivré le brevet est invité à réexaminer la délivrance du brevet dans sa forme actuelle. C'est pourquoi une opposition à un brevet suisse (un brevet délivré par l'IPI dans le cadre d'une procédure suisse) doit être motivée par écrit auprès de l'IPI.

L'opposition ne peut être fondée que sur le fait que l'objet du brevet est exclu de la brevetabilité (art. 1a, 1b et 2 LBI).
C’est le cas notamment des inventions qui portent sur le corps humain aux différents stades de sa constitution et de son développement ou sur les séquences ou les séquences partielles d’un gène existant à l’état naturel. Il est également possible de former opposition aux inventions dont l’exploitation porte atteinte à la dignité humaine ou à la dignité de la créature ou qui sont contraires à l'ordre public ou aux bonnes mœurs.

Toute personne peut également former opposition à un brevet européen auprès de l'Office européen des brevets (OEB). L'OEB admet encore d'autres motifs d'opposition.

Outre les motifs d'exclusion de la brevetabilité applicables dans la procédure suisse, les opposants peuvent invoquer les motifs suivants :

• L'invention brevetée n'est pas nouvelle ou ne résulte pas d'une activité inventive.
• Elle n'appartient pas au domaine technique ou n'est pas applicable industriellement.
• Un homme de métier ne peut pas la réaliser sur la base de la description.
• L’étendue de la protection a été élargie au-delà de l’exposé initial.