Il brevetto può essere oggetto di opposizione da parte di terzi. L'opposizione è soggetta al pagamento di una tassa e deve essere presentata entro nove mesi dalla data del rilascio. Tra la procedura di rilascio svizzera e quella europea ci sono alcune differenze.

Cosa comporta l'avvio di una procedura di opposizione contro il rilascio di un brevetto? Istituzioni e privati hanno la possibilità di opporsi al rilascio di un brevetto se ritengono che la procedura non si sia svolta regolarmente o che non siano stati considerati tutti i fattori rilevanti. Tramite l'opposizione si chiede all'autorità di rilascio di riesaminare la concessione del brevetto nella forma nella quale è stato rilasciato. Le opposizioni contro brevetti svizzeri (rilasciati dall'IPI nel quadro di una procedura svizzera) vanno dunque presentate all'IPI con una motivazione scritta.

L'opposizione contro un brevetto svizzero è ammessa solo se l'invenzione è esclusa dal brevetto in virtù della legge (legge sui brevetti, art. 1a, 1b e 2).
Non possono ad esempio essere rilasciati brevetti per il corpo umano nei vari stadi della sua costituzione e del suo sviluppo. Lo stesso vale per le sequenze o le sequenze parziali di un gene presenti in natura. È possibile opporsi anche contro i brevetti rilasciati per invenzioni la cui utilizzazione offenda la dignità dell'essere umano o leda la dignità della creatura oppure sia in altro modo contraria all'ordine pubblico o al buon costume.

Anche i brevetti europei sono impugnabili di fronte all'Ufficio europeo dei brevetti (UEB). L'UEB ammette altri motivi di esclusione (inglese).

Oltre che sui motivi di esclusione validi nella procedura svizzera, un'opposizione può fondarsi sui motivi seguenti:
•    L'invenzione brevettata non è nuova o inventiva.
•    L'invenzione brevettata non è tecnica o non ha applicazioni industriali.
•    Il brevetto non è comprensibile per gli esperti del settore tecnico in questione.
•    L'oggetto del brevetto va oltre l'esposto della domanda originale.