Dritte können gegen die Patenterteilung Einspruch einlegen. Die Einsprache ist gebührenpflichtig und muss innerhalb von 9 Monaten ab dem Erteilungsdatum erhoben werden. Es bestehen Unterschiede zwischen dem Schweizer und dem europäischen Erteilungsverfahren.

Wie ist der Einspruch gegen die Patenterteilung zu verstehen? Es ist eine Behauptung einer aussenstehenden Person oder Institution, wonach das Erteilungsverfahren nicht ordnungsgemäss oder in Erwägung aller relevanten Fakten abgelaufen sei. Mit dem Einspruch ist die Aufforderung an das erteilende Amt verbunden, die Erteilung des Patents in der vorliegenden Form nochmals zu überdenken. Daher ist ein Einspruch gegen ein Schweizer Patent (also ein vom IGE im Schweizer Verfahren erteiltes Patent) beim IGE mit schriftlicher Begründung einzureichen.

Gegen ein Schweizer Patent kann nur Einspruch erhoben werden mit der Begründung, die Erfindung sei von Gesetzes wegen von der Patentierung ausgeschlossen (Patentgesetz Artikel 1a, 1b und 2).
Zu den gesetzlichen Ausschlussgründen zählen beispielsweise der menschliche Körper in allen Phasen seiner Entstehung und Entwicklung. Auch natürlich vorkommende Sequenzen oder Teilsequenzen von Genen sind nicht patentierbar. Einsprüche sind auch möglich gegen Erfindungen, deren Verwertung die Menschenwürde verletzen, die Würde der Kreatur missachten oder gegen die öffentliche Ordnung oder die guten Sitten verstossen.

Auch gegen ein Europäisches Patent kann jedermann beim Europäischen Patentamt (EPA) Einspruch einlegen. Das EPA lässt weitere Einspruchsgründe zu.

Zusätzlich zu den im Schweizer Verfahren geltenden Patentausschlussgründen können Einsprechende folgende Gründe aufführen:

• Die patentierte Erfindung sei nicht neu oder nicht erfinderisch.
• Die patentierte Erfindung sei nicht technisch oder nicht gewerblich anwendbar.
• Das Patent sei für eine mit dem technischen Gebiet vertraute Fachkraft nicht nachvollziehbar.
• Der Gegenstand des Patents gehe über die Offenbarung der ursprünglichen Anmeldung hinaus.