Une appellation d’origine protégée (AOP) ou indication géographique protégée (IGP), par exemple Gruyère pour du fromage, inscrite dans le Registre fédéral des appellations d'origine et des indications géographiques, peut être enregistrée comme marque géographique. Il en va de même pour les appellations viticoles protégées au niveau cantonal (p. ex. Epesses dans le canton de Vaud) et les indications géographiques réglementées dans une ordonnance du Conseil fédéral (p. ex. Swiss made pour les montres). La désignation « EMMENTALER » pour du fromage au bénéfice de l'appellation d'origine protégée « Emmentaler » est la première marque géographique enregistrée par l'IPI (marque n° 703 183).

Un extrait du registre des marques constitue une reconnaissance de protection officielle pour une marque géographique au même titre qu’un extrait du registre des indications géographiques. Ces deux possibilités de reconnaissance officielle dans le pays de provenance, en l’occurrence la Suisse, facilite grandement l’obtention et l’application de la protection de la dénomination (marque géographique) par le titulaire du titre, clairement identifiable, à l’étranger.

Seul un groupement représentatif peut déposer une demande d’enregistrement d’une marque géographique à l’IPI. Le règlement d’utilisation de la marque géographique devra correspondre exactement au cahier des charges de la dénomination. Cette exigence découle de la nature particulière de la marque géographique, qui laisse l'appellation d'origine et l'indication géographique à la libre disposition de toute personne remplissant les conditions d'utilisation inscrites dans le cahier des charges. Le groupement titulaire de la marque géographique pourra en interdire l'usage à toute personne qui ne se conforme pas au règlement.