À côté des indications de provenance simples qui renvoient exclusivement à la provenance des produits (p. ex. meubles suisses), il existe les indications de provenance qualifiées (p. ex. Gruyère).

Ces dénominations désignent des produits qui présentent, en comparaison de produits similaires, des caractéristiques et des qualités supplémentaires et démontrables attribuables à leur provenance géographique. Les produits sont en outre fabriqués selon des modes de fabrication locaux et traditionnels.

On distingue entre deux catégories d’indications géographiques :

• Les indications géographiques protégées (IGP), par exemple la viande des Grisons IGP.

Dans le cas des IGP, il suffit que l’une des étapes de fabrication se déroule dans la zone de provenance et que la qualité, la réputation ou une autre caractéristique du produit soit essentiellement attribuable à cette provenance géographique.

• Les appellations d'origine protégées (AOP), par exemple Berner Alpkäse AOP et Berner Hobelkäse AOP.

Pour les AOP, le lien entre les caractéristiques du produit et sa fabrication dans la zone de provenance doit être particulièrement étroit. Autrement dit, toutes les étapes de fabrication doivent se dérouler dans la zone en question.

Les AOP et les IGP sont des labels de qualité au bénéfice d’une protection spéciale. Elles sont enregistrées dans un registre. Lorsqu’une dénomination est protégée, elle ne peut être employée que par les producteurs de l'aire géographique désignée qui remplissent un cahier des charges détaillé. Cela permet d’éviter la concurrence déloyale et de protéger les consommateurs contre la tromperie.

Les produits non agricoles peuvent être enregistrés à l'IPI, les produits agricoles auprès de l'Office fédéral de l'agriculture.

Une AOP ou une IGP inscrite dans un registre fédéral, une appellation viticole protégée au niveau cantonal (p. ex. « Epesses » dans le canton de Vaud) et une indication géographique réglementée dans une ordonnance fédérale (p. ex. Swiss made pour les montres) peuvent également être protégées à titre de marque géographique. Cette inscription au registre des marques facilite la défense de la dénomination en Suisse et à l'étranger.