Le Conseil de l'Institut - désigné par le Conseil fédéral - est, pour ce qui est de la gestion de l'IPI, la plus haute instance dirigeante de l'Institut.

• Corina Eichenberger-Walther, avocate et médiatrice, présidente du Conseil de l’Institut, nommée jusqu'au 31.12.2027
• Beatrice Renggli, licenciée en droit, vice-présidente du Conseil de l'Institut, nommée jusqu'au 28.02.2025
• Luc-E. Amgwerd, licencié en droit, co-fondateur de Gjosa SA, nommé jusqu'au 31.12.2027
• Nora Bertschi, secrétaire général du Département fédéral de justice et police (DFJP), nommé jusqu'au 31.12.2027
• Yves Bugmann, licencié en droit, président de la Fédération de l’industrie horlogère suisse FH, nommé jusqu'au 31.12.2027
• Oliver Gassmann, professeur et docteur en droit, professeur ordinaire de management de la technologie et de l’innovation à l’Université de Saint-Gall, nommé jusqu'au 31.12.2027
• Daniela Marino, docteure en sciences, directrice générale de CUTISS AG, nommée jusqu'au 31.12.2027
• Peter Walser, docteur en sciences naturelles EPF, conseil en brevets,  nommé jusqu'au 31.12.2027
• Evelyn Zwick, physicienne diplômée EPF, conseil en brevets, nommée jusqu'au 28.02.2027

Les appartenances des membres du Conseil de l'Institut à des organes de direction d'autres entreprises ou établissements de droit public ou privé.